Демократизація суспільства у другій половині 1980-х років, зумовила повернення нашого народу до своїх витоків та духовних цінностей. Зокрема, 1988 року, після святкування 1000-ліття Хрещення Руси-України, на Україні розпочався рух за ІІІ відродження Української Православної Церкви, яке підтримав митрополит Мстислав (Скрипник) і УАПЦ у США, яку він очолював.
5-6 червня 1990 року у Києві відбувся Всеукраїнський Православний Собор за участю більш як 700 делегатів з усієї України, серед них було сім єпископів і понад 200 священства. Собор затвердив факт утворення УАПЦ і обрав патріархом Київським і всієї України митрополита Мстислава (Скрипника). 2 жовтня того ж року органи влади УРСР офіційно зареєстрували УАПЦ.
Незадовго до проголошення незалежності України, у середині 1991 року з’явилася місцева православна громада УАПЦ Казанської Ікони Божої Матері на Південній Борщагівці, статут якої був затверджений 11 листопада того року. Відчуваючи потребу духовної опіки, спільнота почала з того, що звернулася із проханням до священиків Ізяслава Карги та Павла Стародуба із парафії УАПЦ Івана Хрестителя (на вул. Гарматній) відвідувати по змозі раз на тиждень і їх також. Відтак почалися, хоч і нерегулярно, відправлятися Служби Божі просто неба поблизу колишньої церкви. Іноді, як згадували колишні учасники тієї громади, щонедільне служіння зривалося через відсутність священика, тому доводилося їхати до Володимирського Собору із проханням до протоієрея Бориса Табачека про термінове одномоментне виділення священика.
Спочатку головою громади була Людмила Баштанар, однак невдовзі (у період 1992-96 років) нею стала Антоніна Іванівна Дзюбенко (зараз працює у храмі на посаді бухгалтера), а її заступницями були із господарської частини - Анастасія Іванівна Бугаєва, яка й досі залишається старостою нашого храму, та Галина Іванівна Приступлюк, що зараз співає у церковному хорі. Саме завдяки насамперед їх клопотанням та неодноразовим настійливим зверненням до керівництва Ленінградського району та міста, а також старанням о.Ізяслава, який був депутатом міськради, стало можливим остаточно повернути будівлю колишньої церкви православній громаді. Насаперед активісти громади, у результаті довгого оббивання порогів Управління в справах релігії Київської міської Ради та Патріархії, отримали на руки статут громади. Варто неодмінно також згадати, що вже 1994 року о.Ізяслав Карга отримав архиєрейську хіротонію і зараз є єпископом Житомирським та Овруцьким УПЦ КП.
Врешті, 4 вересня 1992 року, враховуючи попереднє рішення Ленінградської районної Ради народних депутатів від 24 березня, заяви членів парафіяльної ради нашої громади та її голови, і згоду на передачу недобудованої споруди “Олімпії“ з боку генерального директора та голови профкому ВО “Електронмаш“, було нарешті видане розпорядження представника Президента України у м.Києві І.Салія “Про передачу релігійній громаді Ікони Казанської Божої Матері Української Автокефальної Православної Церкви колишньої культової споруди“.
Однак це був тільки самий початок. Річ у тім, що будівля була абсолютно не пристосована для ведення богослужень, там була відсутня навіть підлога, замість якої був просто пісок, віконні шибки зяяли порожнинами, вже багато років цей “довгобуд“ повсякчас був пристановищем різноманітних волоцюг і зовні справляв гнітюче враження. Але незадовго до тогорічної Паски з великими труднощами невеликій громаді вдалося сяк-так опорядити невелику кімнатку (зараз там міститься недільна школа) та пристосувати її до ведення відправ. Тоді ж силами Антона Тимофійовича Приступлюка було виготовлено аналой, престіл та підсвічники, оскільки ніякого начиння не було взагалі. Незабаром на вимогу громади сюди був призначений і перший постійний настоятель, о.Андрій Кибальчук.
Як відомо, ще 25-26 червня 1992 року в Києві в резиденції митрополита Філарета відбувся Всеукраїнський Православний Собор, що об’єднав Українську Автокефальну Православну Церкву та частину Української Православної Церкви (Московського Патріархату) в єдину Помісну православну Церкву - Українську Православну Церкву Київського Патріархату. Таким чином було створено Київський Патріархат, а 10 липня того ж року статут церкви було зареєстровано державними органами України.
Зрештою, парафіяльна громада Казанської Ікони Божої Матері на Південній Борщагівці також перейшла під омофор УПЦ КП, про що було складено відповідні зміни та доповнення до її статуту. Надалі під керівництвом отця Андрія служби відбувалися впродовж трьох наступних років у пристосованій кімнатці у верхньому храмі, в якій зараз знаходиться бухгалтерія. За спогадами учасників тієї громади іноді від холоду в приміщенні узимку у вірян німіли ноги, проте не зважаючи на це жодного разу ніхто так і не захворів!
Тим часом далі справа із відбудовою храму посувалася доволі кволо. З іншого боку, громаді стало відомо, що отець Андрій таємно готує перехід парафії під омофор УПЦ Московського Патріархату, в зв’язку з чим на загальних зборах у 1995 році було висловлено йому недовіру, видалено з парафії та постановлено прохати про направлення нового священника. Таким чином саме завдяки наполегливості місцевої громади, парафія залишалася під омофором УПЦ КП. Новим священиком тоді став отець Мирослав. Однак через його небажання діяльно займатись відбудовою храму громада ще раз звернулася до Святійшого Патріарха Філарета із проханям про направлення нового настоятеля на парафію.