Вже 1926 року за нез’ясованих обставин церква у Братській Борщагівці знову опинилася у підпорядкуванні Російської Православної Церкви. Справа в тім, що совєтська влада була зацікавлена у діяльності УАПЦ тільки до певної міри з огляду на те, що таким чином послаблювалася Російська Православна Церква, як головний на той час ідеологічний супротивник комуністів. Відтак, вже наприкінці 1920-х років діяльність УАПЦ була заборонена, а більшість її єпископів та священства – арештовано, піддано тортурам та заслано.
В цей самий час почалася широка урядова кампанія з антирелігійної пропаганди: Товариство Безвірників видавало у Харкові місячник “Безвірник“ і масову антирелігійну літературу, організовувалися диспути безвірників із представниками церкви, антирелігійна кампанія велася через пресу, радіо. Раз-у-раз вона набувала просто хуліганського характеру, особливо на селі: зокрема, напади на церкви, висміювання священнослужителів, і релігійних почуттів вірних. Як відомо ці акції співпали у часі із нищенням в УРСР заможного українського селянства (насильницька колективізація та виселення, голодомор 1932-33 років, жертвами якого на нашій парафії стала велика частина громади – близько тисячі осіб), що таким чином певною мірою “відволікало“ увагу радянської людини від особистих духовних запитів та, зокрема, церкви, як інституції, зводячи сутність земного буття селянина цілковито до думки про своє виживання та мало полегшити закриття храмових споруд владою.
Відтак відправи в церкві Живоносного Джерела велися із перервами до 1935 року, відколи розпочалося її цілеспрямоване нищення атеїстично налаштованою радянською владою. В той самий час під різними приводами у Києві та у його приміській зоні (до якої тоді належали й Борщагівки) як і по цілій Україні відбувалося масове закриття церков владою, зокрема, діючих храмів майже не залишилося, було знесено у повітря велике число давніх та величних святинь.
Спочатку, вочевидь, за доносом, було заарештовано, а згодом і репресовано правного священика нашого храму Миколу Бортовського. Одночасно був конфіскований у селі великий будинок - садиба настоятеля та будівля колишньої парафіяльної школи. Невдовзі ж були знесені бані церкви, дзвіниця, пограбоване церковне майно, ікони, зокрема, без сліду зникла чудотворна ікона Божої Матері, яка була особливо шанованою місцевою святинею протягом декількох століть[1]. Втім, частина речей із храму була врятована небайдужими селянами, які розібрали їх по домівках. Після таких погромів, з’явилася постанова президії Київської міськради від 29 травня 1936 року, згідно якої храм було взагалі закрито на підставі того, що, мовляв, “церква не функціонує з минулого року, а релігійна громада розпалася й бажаючих поповнити п`ятдесятку нема”. Перед самою війною були також зруйновані каплиці з колодязями над чистими джерелами, відомими з давніх часів.
Спершу приміщення храму планувалося використати під культосвітні потреби, але згодом це питання вирішили цілком в дусі того часу - тут влаштували колгоспне зерносховище.
[1] За оповідями старих людей, частину майна з церкви Живоносного Джерела, зокрема чудотворну ікону, було тоді відправлено до села Сóвок.