Того ж року парафію заступив уже панотець Яків Бортовський. Він був сином дячка і по закінченні у 1869 році курсу Київської Духовної семінарії був призначений на викладача церковно-парафіяльної школи у Чигиринському повіті. Вже наступного року Високопреосвященнійшим Арсенієм його було рукоположено на священика, після чого два десятиліття він почергово був настоятелем у селах Бузукові та Івківці. У жовтні ж 1890 року, згідно свого прохання та резолюції митрополита Київського та Галицького Платона (Городецького), він був переміщений до Братської Борщагівки, а за кілька місяців затверджений на посаді законоучителя місцевого народного училища, згодом – ще й цензора проповідей та місіонера 3 округу благочиння (відмовився від них 1892 р.); у 1891-98 роках був членом постійної ревізійної комісії із перевірки діяльності Київського Єпархіяльного свічного заводу. Згодом, за особливу ревність до несення пастирського служіння Священний Синод нагородив отця Якова камілавкою та наперсним хрестом.
Але повернемось до парафіяльного життя. 1893 року до парафії Живоносного Джерела знову було приписано громаду Михайлівської Борщагівки, за рахунок чого відбулося різке зростання чисельності громади. Тоді ж у Софійській Борщагівці заходами та опікою Якова Бортовського було відкрито церковно-парафіяльну школу, поскільки це село, хоч і перевищувало за кількістю населення Братську та Микільську Борщагівки, однак власної школи (як міністерської, так і парафіяльної) до того часу так і не мало. Викладав у ній учитель Іван Гук, який отримав перед тим освіту у Києво-Михайлівській школі. Відтоді випуск дітей у школі, якою завідував отець Яків, відбувався щороку, а загалом на початку ХХ століття із 1216 чоловік загального населення Софійської Борщагівки в ній здобувало початкову освіту 59 діток. Цією школою опікувався київський купець І.Мухин. В учбовий час, на свята у ній влаштовувалися читання із так званими “туманними картинами“, для чого у школі був свій ліхтар, а на різдвяні свята – і ялинки, про що свого часу неодноразово повідомляла газета “Киевское Слово”.
Для подальшої підтримки грамотности серед тих осіб, які навчалися у школах на парафії, окрім церковної бібліотеки при обох школах існували невеликі зібрання книг для народного читання, зокрема, бібліотечка при церковно-парафіяльній школі у Софійській Борщагівці налічувала до трьохсот назв книг та брошур. Окрім того, 1902 року Київська духовна консисторія сповістила Якова Бортовського, що Київське Товариство грамотности сформувало для Братської Борщагівки сільську бібліотечку для народного читання, за якою наказала йому особисто доглядати.
1902 року в тому ж “Киевском Слове” було надруковано дослідження Миколи Петрова під заголовком “Село Братская Борщаговка. Исторический и бытовой очерк“, яке невдовзі з’явилося також окремою відбиткою. Дотепер воно залишалося поодинокою фаховою працею, в якій систематично було подане минуле та тогочасне сьогодення як села, так і церкви Живоносного Джерела. М.Петров перший розповідає про існування на нашій парафії сільського хору, який співав за літургією, а часом і за всенічною. Але цьому колективу не вистачало підтримки, вочевидь насамперед кваліфікованого регента, відсутність яких дуже давалася взнаки. Хор свого часу було створено колишнім учителем міністерської школи у Братській Борщагівці Ф.Васильєвим, а на рубежі століть його регентом був селянин Омелян Петренко.
Наприкінці ХІХ століття із встановленням у споруді нашої церкви трьох великих залізних бронзованих пічок громаді вдалося уникнути невеликої вологості й холоду в храмі узимку. У 1897 році на місці попередної церкви, обсадженному липами та іншими деревами, було влаштовано дерев`яний навіс із кімнатою відпочинку при ньому для приїжджаючих прочан. 1902 року настоятель збудував на церковній землі дерев`яний дім під залізним дахом, із просторою залою, чотирма бічними кімнатами та кухнею. У залі планувалося розмістити народну чайну і доручити її догляд фельдшериці, а крайню бічну ізольовану кімнату віддати під споживчу крамницю для парафіян і, особливо, для приїжджих богомільців.
Хоча до початку ХХ століття, внаслідок покращення якості приміських шляхів сполучення до інших передмість Києва, щорічна кількість прочан до Братської Борщагівки і скоротилася, проте статечне богослужіння та читання акафістів перед благодатною іконою Богородиці по недільних та святкових днях, за спостереженнями Миколи Петрова, все ще привертали до церкви значне число богомільців. Зокрема, ще й тоді серед киян траплялися особливо ревні шанувальники борщагівської святині, як приміром якийсь Булава, київський купець І.Мухин та інші, а з-поміж міських богомільців доводилося іноді бачити навіть римо-католиків.
Надзвичайно цікавими для нас є занотовані Миколою Івановичем власні враження од відвідин нашого храму. Він, зокрема, зазначав: “Щонеділі та щосвята промовляються настоятелем стислі повчання, які народ слухає охоче, присуваючись щільною масою до самого амвону. Зазвичай церква буває сповнена народом, а дівчата-підлітки часто стоять або сидять навколо храму на церковному погості“. Далі він відмітив, що “далеко не усі прихожани обов`язково відвідуютъ свою парафіяльну церкву: улітку у церкві більше буває жінок, аніж чоловіків. Доволі помітним є також зменшення кількості прочан з парафіян в урочисті дні та на свята, які співпадають із ярмарками на передмісті Києва – Куренівці: „збірним” у п`ятницю та суботу на першому тижні великого посту, „весняним” або ж Миколаївським 9-го травня, Троїцьким на свято св. Трійці, Петропавлівським на 29-го червня и Успенським на 15 серпня“ ( усі дати - за старим стилем. - прим. авт ).
В червні 1903 року псаломником до храму був визначений Григорій Караванський. Того ж року до церкви відбувся візит Преосвященного архиєрея, щоправда, з джерел невідомо кого саме. Близько 1905 року чисельність нашої парафіяльної громади вже перевищила три тисячі. Неодмінно варто згадати тут про одну з небагатьох реліквій, яку успадкував наш храм від своїх попередників. Це родинна ікона ієрея Якова та матушки Олени Бортовських, яка, очевидно, при закритті церкви потрапила до рук однієї місцевої сім’ї, і нещодавно, за справді чудесних обставин, була повернена до храму і зараз знаходиться у окремому кивоті на правій стіні центральної нави храму Живоносного Джерела.