Отож, із кінця 30-х років XVII століття півтора століття колишні борщівські володіння нагірних церков перебували у власності Києво-Братського Богоявленського монастиря.
Дотепер серед дослідників не було єдиної думки щодо того, коли саме це сталося. Згідно королівського привілею 1638 року ситуація виглядає наступним чином. Після повернення православним Хрестовоздвиженського та Трисвятительського храмів, їх настоятелем став син І.Юзефовича, Мойсей Іванович, який після наглої смерті свого батька зрікся унії, і володів маєтками тих церков до кінця свого життя, після чого право на них отримував ігумен Братського монастиря Софроній Почаський. Очевидно саме того року це й сталося, а вже 1640 року “слобідка“ Борщівка (тобто вже йшлося безперечно про новозасноване тут поселення) згадується, як тимчасове тримання київського підкоморія Івана Грузевича-Нечая, пізніше - відомого козацького полковника.
Саме в цей час на Наддніпрянщині у великій кількості закладалися нові “слободи“ – поселення для переселенців, які бажали оселитися на новому місці, які, як правило, одразу ж віддавалися в оренду або заставу. Подібна доля, очевидно, спіткала й нашу Борщівку, проте вже 1644 року вона, вже в якості села, знову згадана в посіданні Братського монастиря.
Як стає відомо з пізніших згадок, монастир вже відпочатку використовував свій борщівський маєток для належного утримання вихованців та викладачів Києво-Братської Колегії (званої ще на честь свого першого покровителя Києво-Могилянською), яка згодом отримала статус Академії. Колегію було засновано 1632 року на базі школи Богоявленського Братства, до якої була приєднана школа Печерської Лаври, 1635 року вона отримала привілей від короля Володислава IV.
Києво-Могилянська Академія була влаштована на зразок західних колегій, але рівень навчання мала академічний. Очолював колегію ректор, який був водночас і ігуменом Братського монастиря, і префект, які підлягали безпосередньо митрополитові. Митрополит дбав про належний рівень навчання, кваліфікацію професорів, про побутові обставини школи, про її правне та матеріальне забезпечення. Для утримання Колегії митрополит надав ще кілька маєтків Братському монастиреві.
Після тимчасового занепаду в часи Руїни Колегія досягає повного розквіту в добу І.Мазепи, що був її великим добродієм, зокрема, 1693 року ним двічі потверджувалися права Київської Братської обителі на “землю Борщівську із селищем” та “ниви на селищі Борщувці”. Коштом гетьмана було збудовано чудовий корпус Академії, яка певний час навіть носила назву Києво-Могилянсько-Мазепинської. (портрет І.Мазепи та Феофана Прокоповича)
Києво-Могилянська Академія була, як відомо, загально-освітньою високою школою, приступною для всіх станів населення України, в тому числі для дітей міщан, козаків та селян, а також чужинців, причому кількість осіб світського походження відпочатку значно переважала тих, хто походив з духовенства. Її історичне значення полягало в тому, що Академія була значним освітнім і науковим центром України, сприяла пожвавленню культурного життя та зміцненню міжнародних зв’язків. З Києво-Могилянської Академії вийшло чимало наукових, державних і церковних діячів України й усієї Східної Європи.
1786 року маєтки Братського Богоявленського монастиря, з яких утримувалася Академія, було секуляризовано, і подальше існування останньої залежало вже від щорічних урядових асигнувань. Щоправда, у Братській Борщагівці для потреб Академії було залишено садок та став, які ще понад століття слугували місцем літніх “вакацій“ (канікул) та “рекреацій“ (диспутів-зустрічей) для бурсаків.
1817 року її було скасовано, а за два роки на її базі було відкрито Київську Духовну Академію. Багато з церковно- та священнослужителів борщагівської церкви Живоносного Джерела отримали освіту у Києво-Могилянській, і у пізнішій Київській Духовній Академії. Зрештою, безпосередній зв’язок із Академіями (належність до володінь Братського монастиря, присутність тут влітку на відпочинку спудеїв та бурсаків) мали бути певним стимулом для високого рівня священства нашого храму.